Вы кошке кровь на гормоны сдайте - невынашивание часто как раз следствие неправильного гормонального фона. Инфекция, разумеется, тоже вероятно, опять-таки, при неправильном гормональном фоне чудненько множится условно патогенная флора. Вы анализы на инфекции кошке сдавали? Что там?
Котят-то рассматривали? Они внешне нормально выглядели? Все на месте, нет гастрошизиса, хвосты длинные и корректные, небо на месте?