Их работа - вам справку выдать при наличии необходимых отметок о вакцинации и клинически здорового животного. А чипирование в определенной последовательности - это уже требование принимающей стороны/страны, ознакомиться и следовать которым должны были уже вы и только вы. В компетенцию и служебные обязанности врачей госветстанции не входит знание о законах и требованиях других стран, касающихся перевозки - и ввоза в страну - животных.
Другими словами - косяк только ваш. И частично вашего заводчика/продавца.